La historia de nuestra institución comienza en la década del 90 cuando la Consejo de Defensa del Niño Alonso Ercilla y Zúñiga (institución colaboradora de SENAME), crea un hogar de menores o también llamada “Ciudad del niño” para ofrecer un espacio de atención especializado en reparación de vulneraciones de derechos que los menores de 18 años vivían en el sector alto de la ciudad de Castro, y los alrededores de la provincia de Chiloé. En sus primeros años CODENI trabajó bajo la modalidad de Centro Abierto (CAD) y de centro de tránsito y diagnostico CTD. Además llegado el año 1992 suma una extensión de intervención, que apuntaba a velar por el cumplimiento de derecho a la educación de niñas y niños en riesgo social. Así, se funda la Escuela Ciudad del niño cuya cobertura comenzó con PreKínder; Kínder y también un programa Diferencial. En el año 2004 CODENI toma la decisión institucional de finalizar su trabajo en el ámbito de educación e inicia el cierre de la escuela. No obstante un grupo de trabajadores de la institución liderados por los profesores Carmen Cendoya Cárcamo y Julio Berrios Montesinos se proponen dar continuidad a su trabajo fundando el año 2005 el Colegio Wanelen We con una cobertura inicial de 97 alumnas y alumnos distribuidos desde PreKínder a 6to básico.
De esta forma, durante el año 2007 el colegio comienza a dar sus primeros pasos y formaliza su uniforme, crean una insignia, además de promover espacios de rescate de la identidad local y en articulación con agrupaciones locales realiza la primera celebración del año nuevo mapuche o Wetripantú.
Con ello comienza paulatinamente a visualizarse como una alternativa educativa para niñas y niños de la comuna de Castro y gracias al esfuerzo de todo el equipo de trabajo consigue el año 2008 la primera generación promovida de Octavo año básico.
En el año 2009 el Colegio Wanelen We en su quehacer pedagógico inicia acciones educativas que apuntan a que las alumnas y alumnos puedan desarrollar sus potencialidades académicas, artísticas y deportivas. De esta forma, es que se realiza la primera Murga; el show Buscatalentos y se funda el club deportivo, social y cultural Wanelen We.
Posteriormente, entre los años 2010 y 2011 el colegio realiza acciones que apuntan al cuidado y especialización de la labor de sus trabajadores por medio de la creación de Bienestar; las capacitaciones; además de oficializar el rol de UTP; el trabajo de portafolios y la incorporación de nuevos profesionales por área. Con ello, nuestra institución comenzó a realizar acciones abiertas a la comunidad donde nuestras alumnas y alumnos podían mostrar sus aprendizajes y talentos. Celebrándose la primera “Gala Folclórica” donde todas y todos los estudiantes tuvieron la oportunidad de mostrar su trabajo artístico. En tanto que a nivel deportivo se realizan los primeros talleres de atletismo escolar y con esto las primeras participaciones a nivel comunal.
El año 2012 se constituye en un momento crucial en la historia de nuestra institución, debido a que CODENI da por finalizada su labor en el Hogar de niñas Alonso Ercilla, con quienes hasta ese entonces compartíamos infraestructura. La que pasa en su totalidad a ser propiedad de la Administración Wanelen We. En el plano educativo, se logra la separación de PreKínder y Kínder; se funda el Coro, y se consigue la excelencia académica. Además, nuestro colegio fortalece su posicionamiento a nivel comunal y provincial, organizando ferias científicas anuales, así como también adjudicándose -gracias a las gestiones del Club deportivo -fondos concursables regionales que permiten el desarrollo y crecimiento de esta área. El año 2013 comienzan a habilitarse nuevos espacios para el desarrollo de acciones pedagógicas destinadas a mejorar la calidad de la educación que se entrega. De esta forma, se inaugura la primera sala de música y también se mejora la calidad tecnológica de los equipos de la sala de computación contratándose un profesional especialista en el área. Finalmente, el año 2014 y con el afán de formalizar y optimizar el quehacer del colegio, se reorganiza el funcionamiento de este, por medio de la potenciación del Equipo de Gestión, liderado por el Sostenedor, Dirección, Dirección académica, UTP y asesorado por la coordinadora del programa de integración, una educadora de párvulo y el coordinador de convivencia escolar.
Paralelamente, es importante señalar la realización de acciones pedagógicas que dan cuenta de un proceso de trabajo de largo plazo tal y como; son el Proyecto META a cargo del programa de integración; además del primer Festival en Ingles; el incremento de talleres artísticos y deportivos con perspectiva de género, los denominados Hitos Pedagógicos a cargo de Convivencia escolar y finalmente la realización de un proceso participativo de reformulación de nuestro PROYECTO EDUCATIVO INSTITUCIONAL.